東京工業大学大学院生命理工学研究科Graduate School of Biosciences and Biotechnology, Tokyo Institute of Technology ◇ 〒226-8501 神奈川県横浜市緑区長津田町42594259 Nagatsuta-cho, Midori-ku, Yokohama-shi, Kanagawa 226-8501, Japan
多くの生物のゲノムの塩基配列がすべて決定され，構造生物学が劇的に発展したことにより，タンパク質の種類の全貌や完成形である立体構造の多くが明らかとなってきた．しかるに，タンパク質フォールディング研究はどうであろうか？ フォールディングはいつも「理想」的に進むとは限らず，多くのタンパク質が「現実」には凝集を形成することが知られている．実際，細胞内ではシャペロンがフォールディングを助けている．
本稿では，プロテオームレベルでのフォールディング・シャペロン研究，細胞内での新生ポリペプチド鎖（新生鎖）フォールディングにおけるシャペロンの役割などを紹介することで，タンパク質フォールディングの「理想」と「現実」を考えるとともに，現実のタンパク質ワールドが理想からかけ離れてしまった点について進化的な視点も交えながら多角的に考察する．
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